År 1699 utnämndes Erik Siöblad som chefsamiral och som en av de första och viktigaste uppgifterna hade han att skapa en helt ny örlogsstation vid Göta älvs mynning. Valet föll på en plats vid Billingen, vid södra älvstranden, som än idag bär namnet Nya Varvet. Utöver sänkverk och förtöjningsanordningar byggdes även ett nytt underhålls– och nybyggnationsvarv med allt vad det innebar av specialiserat hantverk.
Bland de första fartyg som under år 1700 överfördes från Karlskrona till Göteborgseskadern var fregatterna Fredricus (36, sic!), Jägaren (16), Halmstad (46), Marstrand (26) samt snauen Mjöhunden (6). Under de kommande två åren tillfördes eskadern ytterligare sex fregatter från Karlskrona örlogsstation: Älvsborg (46), Varberg (40), Stenbock (36), Charlotta (30), Kalmar (46) och Stettin (46). Sammantaget var fartygsbeståndet år 1709 totalt tio fregatter, fem galärer respektive brigantiner, två galjoter samt fjorton lättare fartyg).
Även om denna flottstyrka på pappret kan synas vara imponerande var eskaderns operativa status ett återkommande dilemma. I källorna återges en ständig brist på resurser att rusta och underhålla fartygen. Allt eftersom krigsåren gick blev det även allt svårare att finna befaret manskap, många gånger till följd av att örlogsstationen i Karlskrona oftast hade förtur till att bemanna huvudflottan.
Under de två decennier som Stora nordiska kriget rasade lyckades eskadern, många problem till trots, genomföra en mängd operationer som huvudsakligen var riktade mot fienden Danmark–Norge. Operationerna bestod till stor del av konvojering av handelsfartyg, en ofta framgångsrik kaperiverksamhet mot fiendens handelsfartyg, mindre angrepp längs de norska och danska kusterna jämte patrullering av Skagerrak och Kattegatt för att bryta kommunikationer och transporter mellan Danmark och Norge. Genom sin närvaro bidrog eskadern även till att freda Bohuskusten från angrepp.
Vad gäller kaperiverksamheten är det intressant att notera att Fredricus var utlånad under åren 1717–1718 till västkustens mesta kaparredare Lars Gathe, adlad Gatenhielm. Ur Kronans perspektiv tjänade den privata men reglerade kaperiverksamheten ett gott syfte i det att den var till väsentlig skada för fiendemakterna samtidigt som en andel av de försålda priserna (kapade fartyg) kom staten tillgodo. Det finns även anledning att tro att i en situation då Kronan hade svårigheter att rusta och bemanna sina fregatter fanns det anledning låta dem vara engagerade i kaperi om än under en privat redare.
Den tidigare brittisk sjöofficeren Thomas Chapman var varvschef, så kallad holmmajor, på Nya Varvet mellan 1720 och 1738. Under årtiondena därefter pågick reparationer av hus, bryggor och sänkverk inom området, så långt som de årligen anvisade 1 000 daler silvermynt räckte. År 1747 ville amiralitetskommissariatet ha en definitiv förflyttning från Gamla Varvet till Nya Varvet, och för att undersöka förhållandena sändes skeppsbyggmästaren Gilbert Sheldon från Karlskrona år 1750. I sin rapport den 22 april samma år, konstaterade Sheldon att det på inte på något av varven fanns tillförlitlig stapelbädd, upphalningsbädd, brobänk eller mastkran. Att bygga detta på Nya Varvet skulle kräva utfyllnad och höga kostnader, varför Sheldon rekommenderade komplettering av Gamla Varvet. För Nya Varvet ansåg Sheldon att sänkverket skulle kortas med 350 fot för att minska kostnaderna. Enligt de ursprungliga planerna skulle sänkverket sträckt sig till Röda Sten. Dessutom skulle den igengrodda vattenförbindelsen innanför Lilla Billingen rensas upp, förses med två slussportar och de två galärerna Carolus och Wrede, som sänkts i hamnen vid Tordenskjolds anfall 1719, skulle tas upp.
Förändringarna på Nya Varvet genomfördes, men ingeting investerades på Gamla Varvet. Istället skulle kronans hela varvsdrift läggas ut på entreprenad till handelsmannen Peter Bagge, som gett anbud på varvsdriften.
Samtidigt gavs tillstånd till uppförande av bostäder vid Nya Varvet.
I mitten av 1700-talet började en ny faktor göra sig gällande. Det var skeppsmask, vilken studerats av Carl von Linné vid hans besök på göteborgsvarven sommaren 1746.År 1755 ansågs läget så allvarligt, att fartygen borde flyttas från Nya Varvet.
I början av år 1756 var följande fartyg förlagda till Nya Varvet: fregatterna Svarta Örn (40 kanoner), Göteborgs Vapen (34) och Fama (32), brigantinen Sjökatten (20 nickhakar), galärerna Greve Meijerfeldt, Greve Taube, Greve Cronstedt, Greve Wrangel och Greve Gyllenborg, alla med 3 kanoner vardera. Slutligen hukaren Måsen (16), samt de stora espingarna Lärkan och Svalan, och några mindre espingar, slupar och jollar. Samma år överfördes de större örlogsskeppen från Göteborg till Karlskrona, och de fem kvarvarande galärerna blev en del av den nybildade Arméns flotta, som 1762 fick namnet Galäreskadern i Göteborg. Greve Wrangel sjönk dock i hamnen på Nya Varvet den 29 april 1762 på 4 meters djup innan den kunde ta supp land för att åtgärdas. Eskadern kom i praktiken att avvecklas.
I samband med omorganisation av flottan efter kung Gustav III:s död, beslöts den 4 maj 1792 att en division ur arméns flotta skulle baseras till Göteborg och Nya Varvet. År 1794 blev divisionen en egen enhet under benämningen Göteborgs eskader av arméns flotta. Då platsen under lång tid inte underhållits upprättades en moderniseringsplan under ledning av eskaderchefen konteramiral George de Frese. Planen godkändes av kung Gustav IV Adolf den 26 januari 1801, och innebar utfyllnad och anläggning av kajer, uppbyggnad av två kanonslupskjul och kasern för manskapet. Finansiering skulle ske genom försäljning av Gamla Varvet, men det såldes dock aldrig.
I början av 1816 bestod Göteborgseskadern av halvgalärerna Gustaf III och Armfelt (upplagda vid Läckö slott vid Vänern i Västergötland), skonerten Göteborg; 16 däckade kanonslupar (varav sex upplagda i Landskrona), 24 öppna kanonslupar; 2 mörsarslupar, 2 skonertbarkasser, 2 däckade kanonjollar, (kanonjollen Malmö var kuttertacklad och benämndes därför vanligen kutter, 4 chefsjakter; 4 förrådsjakter och ytterligare en skonert samt diverse kokslupar, transportbåtar och mindre farkoster. Göteborgseskadern bibehöll samma storlek i cirka fyra decennier. Den sammanlagda flottstyrkan bestod av cirka 500 man från år 1812 till och med år 1824.
Med start 1815 byggdes Nya varvet ut, bland annat med flera husbyggnationer för eskaderns personal, arsenaler för fartygen och en mur runt området som också utgjorde yttervägg för flera v de nya byggnaderna. Flottstationen skulle därtill beskyddas av Nya Älvsborgs fästningsverk samt genom att Rya Nabbe på andra sidan älven och berget Billingen väster om Nya Varvet skulle befästas och hamnen upprustades. Från Gamla varvet flyttades sjukhuset till Nya varvet under första hälften av 1820-talet. Gamla varvet såldes den 13 september 1825 till privata ägare efter att alltsedan 1660 tillhört kronan.
Fartyg vid Göteborgseskadern
Achilles (brigantin)
Bellona (galär)
Carolus (galär)
Castor (brigantin)
Charlotta (fregatt)
Drottningen
Fama (fregatt)
Fredricus (Fredrik, fregatt)
Ge På (skottpråm)
Greve Cronstedt (galär)
Greve Gyllenborg (galär)
Greve Meijerfeldt (galär)
Greve Mörner (galär)
Greve Taube (galär)
Greve Wrangel (galär)
Gå På (skottpråm)
Göteborgs Vapen (fregatt)
Halmstad (fregatt)
Hektor (brigantin)
Jägaren (fregatt)
Kalmar (fregatt)
Kristiania (galär)
Lovisa (galär)
Lucretia (galär)
Lärkan (esping)
Marstrand (fregatt)
Mjöhunden (snau)
Måsen (hukare)
Pollux (brigantin)
Prins Fredrik (galär)
Proserpina (galär)
Sjökatten (brigantin)
Sköldpadan (galliot)
Stenbock (Stenbocken, fregatt, senare skottpråm)
Stettin (fregatt)
Strömstad (skottpråm)
Stå Bra (galär)
Svalan (esping)
Svarta Örn (fregatt)
Tordön (slup)
Ulysses (galär)
Varberg (fregatt)
William Galley (fregatt)
Wrede (galär)
Älvsborg (fregatt)
Officerare vid Göteborgseskadern
Roserus von Ackern (-1718)
Jonas Ameen (-1736)
Claes Ankarcreutz (1677-1730)
Johan Gustaf Anckarstierna (1684-1713)
Olof Anckarström (-1714)
Simon Berg
Anders Bogman (1672-??)
Lars Bogman (1697-1758)
Johan Ludvig Brant (1757-1815)
Jakob Braun (1663-1746)
Olof Bruse
Mårten Brännö (-1721)
Lars Böcker
Johan Ceder (-1738)
Thomas Chapman (1686?-1769)
George De Frese (1751-1807)
Erik Ehrenbill (1667-1721)
Lars Ehrenbill (1697-1747)
Lars Larsson Een
Abraham Falkengréen (1686-1752)
Erik Gustavsson Frimodig (-1691)
Christian Gathenhielm (1682-1722)
Gustaf Persson Grubbe (1669-1759)
Börje Mathiasson Grund (-1709)
Daniel Grundell (-1716)
Nils Gyllenschruf (1700-1769)
Berend Hederstierna (1689-1755)
Martin Heldt
Henrik Hjortberg (-1739)
Christoffer Justus Hoenstierna (1675-??)
Hans Nilsson Humpa (-1731)
Nils Knape
Lars Börjesson Kullin (Lars Collin) (-1739)
Johan Kyuhl (Kuylenstierna) (1664-1746)
Leonard von Lauterbach (1670-??)
Axel Johan Lewenhaupt (1660-1717)
Tage Lewerentz (1677-1731)
Jöns Lind d.y. (-1741)
Petter Lorentson
Albert Lund
Anders Löfman (-1741)
Johan Mannerfelt (1665-1690)
Robert Moffat (-1748)
Jakob Jürgensson Molsund (-1732)
Nils Nilsson (-1733)
Petter Jakobsson Norman (Nordtman) (-1758)
Claes Palbitsky (1685-1710)
Petter Pleij d.ä.
Petter Pleij d.y.
Gustaf von Psilander (1669-1738)
Frans Rauvert
Samuel Rohlfink (-1717)
Adam Rosencrantz
Petter Rosenholm (1646-1699)
Fredrik Rotkirch (-1696)
Per Andersson Sandgård (1632?-1713)
Anders Schale
Sven Schale
Paul Henrik Scharff (1733-1817)
Nils Schruuf (1666-1736)
Erik Sjöblad (1647-1725)
Olof Strömstierna (1664-1730)
Carl Johan af Wirsén (1777-1825)
Ej vid eskadern men kapare, skeppare i handelsflottan i Gbg eller från Göteborg och tjänstgjorde i flottan (vid amiralitetet)
Michael Blum (-1735)
Conrad von Braunjohan (1666-1734)
Olof Larsson Brännö (-1699)
Nils Ehrensköld (1674-1728)
Lars Gathenhielm (1689-1718)
Christoffer Mathiasson Grund (-1715)
Jacob Krekel (Kraekel) (-1721)
Herman Schmidt (1673-1709)
Nils Ström (Strömcrona) (1664-1740)
James Trent (-1698)
Johan von Utfall (1681-1749)
Peter von Utfall (1686-1745)
Anders Zander (-1739)