Carl Fredrik Wærn, född år 1819 i Göteborg, var son af den bekante politikern i borgarståndet Carl Fredrik Waern d. ä., hvilken var en af ståndets mest betydande krafter och på sin tid jämte Tore Petré de liberales ledare. Riksdagspåbrå hade den äldre C. F. Waern från sin morfar L. M. Uggla, bekant från Frihetstidens riksdagar, och dessa anlag gingo i arf till äldste sonen.
Den unge Carl Fredrik Waern fick sin utbildning dels i enskilda skolor i hembygden, dels i den då berömda Hillska skolan å Barnängen vid Stockholm, men ehuru i besittning af utmärkta kunskaper aflade han ej studentexamen, då hans fader ansåg det onödigt.
»Hvad skall man med ära, som månde en besvära?»
voro hans ord. I stället sändes ynglingen år 1838 ut till bergsskolan i Freiberg, därifrån till svenska bergsskolan och ingick 1840 som biträde i faderns affär. Därefter vidtog han vidsträckta affärsresor å kontinenten, i England och Norra Amerika samt tog 1844 burskap som grosshandlare i Göteborg och blef 1852 bolagsman i firman C F. Waern & C:o, hvars främste chef han varit sedan faderns död 1858.
Som bekant har denna firma alltid, mindre kanske för dess guld än för dess heder, intagit en högt aktad ställning å Göteborgs börs, bland hvars prydnader Waern under en följd af år räknades.
Affärerna omfattade export för bruksegendomarna i Dalsland och för trämassefabriker, äfvensom import af konstgjorda gödningsämnen, hvilka Waern var den förste som införde till Göteborg, liksom han år 1857 anlade den första svenska fabriken för tillverkning af superfosfat.
Vid sidan af sin enskilda verksamhet ägnade sig Carl Fredrik Waern redan tidigt åt offentliga uppdrag, inom såväl kommun som stat. Göteborgs samhälle var nämligen angeläget att taga hans utmärkta arbetskraft i anspråk.
Han blef 1847 en af handelsföreningens fullmäktige, valdes 1858 till medlem af borgerskapets äldste och blef 1863 vid stadsfullmäktige-institutionens början en af dess ledamöter och dess förste ordförande, en befattning, som han innehade till 1870, då han utsågs till statsråd och därmed flyttade från Göteborg.
Redan år 1847 blef C. F. Waern, vid endast 28 års ålder, vald till faderns efterträdare såsom Göteborgs representant i borgarståndet för då instundande riksdag. Men det var ej blott fädrens ära, som förvärfvade honom en plats i det politiska lifvet, utan hans egen eminenta duglighet lät honom redan från första framträdandet intaga en mer än vanligt ansedd ställning. Valet upprepades för de tre följande riksdagarne, men han afsade sig uppdraget 1856 af affärsskäl.
Vid 1859—60 och 1865—66 års riksdagar var Waern ånyo ledamot af borgarståndet. År 1862 var Waern kommissarie vid svenska utställningen under Londonexpositionen och måste alltså afsäga sig riksdagsuppdraget.
Vid det nya representationsskickets införande valdes Waern både till Första och Andra kammaren. Han mottog det förra uppdraget, som erbjöds honom af Göteborgs stadsfullmäktige.
Valet upprepades så ofta hans mandat var utlupet, och vid hans sista riksdag 1899 hade den gamle parlamentarikern bevistat ej mindre än fyratio riksdagar.
Under denna tid deltog han flitigt i debatten, särskildt i äldre tider, då hans stämma bättre förmådde göra sig gällande än på sista året. Det uppgifves, att han yttrat sig sammanlagdt omkring 1,200 gånger i riksdagen, utom de gånger han yttrat sig som ledamot af utskott. Men det var icke tomma ord af frasradikalt innehåll som frambars i dessa yttranden, utan de voro byggda på omsorgsfullt samlade fakta. Carl Fredrik Waern var en idéernas man, och hans idéer voro byggda på grundliga studier, framför allt i finansiella ämnen.
Waerns första motion — 1847 — var likväl icke egentligen af finansiell natur. Det gällde en kultur- och frihetsfråga — utvidgade rättigheter för svenska medborgare af mosaiska trosbekännelsen — i hvilket afseende det var han som tog initiativet till de riksdagsskrifvelser, som resulterade i de steg för steg utvidgade rättigheterna under 1840—1870-talen. Till tacksamhet för hvad Waern sålunda gjordt för israeliterna i vårt land, faun sig Göteborgs mosaiska församling föranlåten att på hans 70-årsdag tillställa honom en offentlig tacksamhetsadress.
Redan vid sin första riksdag inlade Waern ett kraftigt ord till förmån för det Rosenska förslaget om järnvägen Köping—Örebro—Hult och sökte skingra de farhågor, som Frans Schartau med flera liktänkande affärsmän hyste för järnvägarnes ruinerande karaktär. Waern blef ock af k. m:t förordnad ordförande i detta första svenska järnvägsbolag, en befattning, som ej var uteslutande angenäm, då företaget genom den engelske förtroendemannen Sadleirs oredlighet blef starkt hotadt.
Waern tillhörde borgarståndets trofasta liberaler, och han var, så som detta stånds flesta ledamöter, en vän af representationens ombildning. Tillika framträdde han som författare på detta område med en kritisk broschyr öfver det till 1850 års riksdag hvilande representationsförslaget, till hvars förmån han uppträdde och som äfven antogs af borgarståndet, men förkastades af de öfriga stånden.
Det var Waern, som 1868 väckte motion om ny förordning rörande Sverges och Norges handels- och sjöfartsförhållanden, hvilken 6 år senare resulterade i 1874 års af Waern, då statsråd, kontrasignerade mellanrikslag. Nya tiden begärde dess afskaffande och gamla skrankors återuppresande. Waern stred som ett lejon för att försvara sin skapelse, men förgäfves. Det nya systemet kräfde dess fall, men Waern upplefde äfven, att ej få af systemets försvarare önskade detta ogjordt och skulle velat gräfva mellan rikslagen upp ur mullen om de det kunnat.
År 1870 inkallades C. F. Waern i den Adlercreutzska regeringen såsom finansminister och fick då tillfälle att genomföra en del af de önskemål, för hvilka han arbetat, exempelvis afskaffande af tackjärnstionde, införande af mellanrikslagen, myntkonventionen 1873, ny förordning om enskilda banker o. s. v.
Statsrådet Waern, som i det hela intagit en god ställning till riksdagen, äfven om han exempelvis i den forne meningsfränden Wallenberg fick en skoningslös motståndare, kom emellertid 1874 i en konflikt med representationen på grund af skogslagen. De af riksdagen företagna ändringarna i denna lag, som åsyftade undantagslagstiftning för skogsafverkning af mindre träd i Norrbottens län, stredo mot Waerns utpräglade frihandelsåskådning, hvilken ogillade statens ingripande i den enskilda äganderätten och gynnande af vissa yrkesidkare på andras bekostnad. Då Waern efter en företagen studieresa till Norrbotten ej fann skäl att ändra åsikt, föreslog han, att k. m:t skulle vägra att sanktionera riksdagens skrifvelse, och då konungen ej ville detta, afgick Waern i sept. 1874.
Han öfvergick året därpå till presidentstolen i kommerskollegium, som han dock endast innehade på förordnande, enär verkets omorganisation stod under debatt. Ar 1891, då denna reorganisation var fullbordad, öfvergick han till privatlifvet och bosatte sig å fädernebruket Baldersnäs.
Waerns verksamhet i kommerskollegium blef icke så reformerande som man haft skäl att vänta af den praktiske köpmannen, som just förut i riksdagen kritiserat detta verk. Han var i detta afseende utsatt för ganska skarpa angrepp af bland andra Wallenberg.
Under senaste skedet af sitt offentliga lif fick Waern erfara det pröfvande ödet att se flera af de reformer, för hvilkas seger han kämpat, kullkastas, att iakttaga en återgång från de friare principer i näringslifvet, hvilka han med sådan värme omfattat och delvis genomfört.
Bland viktiga större företag, i hvilkas tillkomst C. F. Waern tagit verksam del, må erinras om Skandinaviska kreditaktiebolaget, i hvars styrelse han var ledamot under de 7 första åren, samt framför allt Dalslands kanal, hvars förste verkställande direktör han var i 6 år.
Carl Fredrik Waern dog 1899 och efterlämnade en boupptecknad förmögenhet med behållning af 815,772 kr. 5 öre.