Gustaf Werner, född 24 februari 1859 i Bollebygd, död 28 mars1948 i Göteborg, var en svensk affärsman och donator. Son till lantbrukaren Pehr Andersson och Britta Andersson, född Bengtsdotter.
Utbildade sig på Göteborgs högre elementarläroverk i Göteborg 1872-76, tog en handelskurs och reste till Tyskland där han gick på Rostocks handelsinstitut. Därefter for han vidare till Frankrike för några års affärsstudier, bland annat arbetade han på en vinfirma i Bordeaux.
Efter hemkomsten till Göteborg fick han plats i det textilhandelsföretag – Aug. Werner & C:o AB – som grundats av hans äldste bror August, men som efter dennes död leddes av en tredje bror, Anders. Den 1 april 1885 grundade Gustaf Werner tillsammans med en jämnårig kompanjon, Wilhelm Carlström, företaget Werner & Carlström för engrosförsäljning av textilvaror, främst garn av ylle och bomull. Werners kapitalinsats var cirka 20 000 kronor och då hade han fått hjälp av både systrar och sin moder. De första lokalerna hyrdes i Aug. Abrahamsson & Co:s hus vid Östra Larmgatan 16 i Göteborg. För att slippa importera färdiga garner började man snart att planera ett eget spinneri i Göteborg, och efter ingående förberedelser och studier i bland annat England, grundades 1896 Göteborgs Kamgarnsspinneri. Även Werner & Carlström omvandlades till aktiebolag 1898.
År 1905 köpte Gustaf Werner en betydande aktiepost i det välkända göteborgsföretaget Aug. Johansson, Mark & Co AB., som under den då rådande ekonomiska krisen drabbats av kapitalbrist. Genom detta förvärv fick AB Werner & Carlström kontrollen över bland andra Gårda Fabrikers AB och AB Lana Kamgarnsspinneri i Mölndal. Flera andra företag tillkom, däribland Fridkulla Fabrikers AB, Eric Anderssons AB och AB Herman Kürzel.
Efter att kompanjonen Carlström begått självmord med skjutvapen i Slottsskogen 1907 var Werner ensam bolagets VD och styrelseordförande.
Under slutet av 1880-talet och ända fram tills han 1915 köpte den Wijkska villan (numera Wernerska villan), bodde Gustaf Werner i ett hyreshus på Kungsportsavenyen 18 som ägdes av Nils Andersson & Co. Enligt Werners testamente skulle huset tillfalla Göteborgs stad efter hans båda systrars död; Maria blev 103 år och Hilda 94. Bägge var ogifta. 1958 överlämnades fastigheten till Göteborgs stad.
Gustaf Werner var också donator, bland annat fick staden såväl som musikaliska högskolan och Handelshögskolan ta emot betydande donationer. Till Uppsala universitet skänkte han två miljoner kronor för byggandet av cyklotronen i Gustaf Werners Institut för Kärnkemi (GWI), vilket invigdes den 8 december 1949.
Den 14 oktober 1916 donerades en miljon kronor till en teaterfond för Göteborg, ”Göteborgs stads teaterfond”. Donatorer var förutom Gustaf Werner även Willgodt Kullgren, Herman Mannheimer, Conrad Pineus, Ernst Krüger, Mathilda Broström (gift med Axel Broström), Gösta Fraenckel, Wilhelm Henriques, Anna Johansson och Hjalmar Wijk med 100 000 kronor vardera. Förutsättningen för gåvan var att staden skulle uppföra en modern och värdig teaterlokal (sedermera Göteborgs stadsteater vid Götaplatsen).
Göteborgs museum fick den 6 juli 1923 ta emot 14 äldre och mycket värdefulla, holländska målningar.