Den svenske kungen som vid denna tid var Gustav Vasa, som tidvis bodde på Älvsborgs slott, tvingade 1547 borgarna i Nya Lödöse att flytta till en plats helt nära slottet. Nya Lödöse förlorade i samband med detta sina stadsrättigheter. Flytten hade föregåtts av diskussioner ända sen 1542. I samband med att staden skapade byggdes också borgen om från en kel medeltidsborg till en betydligt bastantare Vasaborg.
På 1550-talet spelade Älvsborgs stad en viktig roll i planerna på att omdana den svenska handelspolitiken. Den drivande kraften var Gustav Vasas rådgivare Georg Norman som ville försöka kringgå mellanhänderna och på egen hand bedriva handel mellan Ryssland och Västeuropa. Viborg i öster och Älvsborg i väster skulle bli knutpunkter och bindas samman med inrikeshandeln i Sverige. Avsikten var även att undvika tullarna genom Öresundspassagen. Förhandlingar fördes med engelska sändebud om att England istället för att låta handeln gå via Arkhangelsk skulle låta den gå via Sverige. i England men utan resultat.
Under Erik XIVs ledning kombinerades dessa försök med giftermålsplaner med drottning Elisabeth. Älvsborg blev nu bas för den eskader som skulle segla på friarfärd till England år 1561 men flottan på 14 örlogsskepp kom aldrig iväg. Det hela rann ut i sanden och istället sändes två skepp år 1562 från Älvsborg till Edinburgh för att undersöka möjligheterna för ett giftermål med Maria Stuart. Expeditionen leddes av Per Brahe, Charles de Mornay och Mårten Helsing (mycket av informationen på Wikipedia om detta är felaktig).
Vid Nordiska sjuårskrigets utbrott 1563 brände borgarna i staden själva ner den och sökte sen skydd i borgen. Slottet intogs dock av danska trupper och förblev i dansk kontroll fram till 1571. Nya Lödöse återfick sina privilegier 1572 efter att Älvsborgs slott året innan återlämnats till svenskarna.
Andra källor: Hallén,Olsson, Rosengren och Sandberg, Majornas historia, 2007