Innan Göteborgs fiskhamn byggdes på Vädersågens tidigare mark i Majorna såldes fisk i Rosenlundskanalen längs med kajen på Rosenlundssidan där bland annat Fiskekyrkan ligger efter att 1849 flyttats dit från Stora Hamnkanalen. Men när storkapitalet i Göteborg i form av Melcher Lyckhom investerade i ångtrålsfiske dög inte detta. De drev igenom att staden skulle bygga en ny fiskhamn.
Den 12 september 1907 beslutade Göteborgs stadsfullmäktige att bygga en fiskhamn vid hamnegendomen Sågen (Vädersågen), platsen för den gamla Vädersågen från 1725. Från början var bassängen 5 meter djup och i medeltal 75 meter bred. Utanför byggdes en 60 meter lång pir, med en 96 meter lång och 21 meter bred hall (senare B-hallen), avsedd för auktions- och packningsändamål.
Arbetet påbörjades den 11 maj 1908 och den 17 september 1910 öppnades Göteborgs fiskhamn. Vid denna tidpunkt fanns det 14 ångtrålare i Göteborg. 4 år senare fanns det 54 ångtrålare. Det var troligen en direkt följd av byggandet av Fiskhamnen. Men fiskhamnen drog också till sig fiskebåtar från andra håll och det blev snabbt den viktigaste hamnen för landning av fisk. Följden blev med tiden en allt starkare förflyttning av svenskt fiskes tyngdpunkt till Göteborgsområdet.
Den 10 oktober samma år hölls den första auktionen i den nya hallen som senare fick namnet B-hallen. Redan den 2 november samma år beslutades att fiskhamnen måste utvidgas och sommaren 1914 invigdes bland annat den utvidgade hamnbassängen och en ny hall som döptes till A-hallen.
År 1917 var det dags igen för en utvidgning som stod klar 1923, samtidigt som Göteborg firade sitt 300-årsjubileum. Nu var hamnbassängen 5 meter djup, cirka 1160 meter lång och 75 meter bred med en utanför liggande pir. År 1917 byggdes också ett fryshus invid fiskhamnen medan den första konservfabriken anlades 1919 av AB Sveriges Förenade Konservfabriker (Fyrtornet).
På våren 1925 kunde den nya auktions- och packhallen C tas i bruk. Den totala ytan var vid slutet av 30-talet cirka 5 000 kvm, varav fiskhamnskontoret 200 kvm och i andra våningen i administrationsbyggnaden som inrymde hamnbanans expeditionslokaler som också var 200 kvm.
Runt slutet av 1940-talet hade fiskauktionen i Göteborgs fiskhamn flest anställda med ett 60-tal fast anställda. 1954 stod den nya F-hallen klar.
Stadens auktionsrörelse i Fiskhamnen överläts den 1 oktober 1970 till det samma år bildade Göteborgs Fiskauktionsförening (GFA), som ensam fick rätt att genom offentligt upprop sälja sill eller annan fisk och skaldjur. Beslutet togs den 24 september 1970. Göteborgs Fiskauktionsförening är en sammanslutning av fiskarnas organisationer, fiskgrossister och fiskdetaljister i Göteborg.
1990 började igenfyllningen av den inre delen av hamnbassängen för att ge plats för parkeringsplatser åt alla köpare och säljare med stora bilar. Därutanför byggdes en ny betongpir med plats för större fiskebåtar. 1992 revs den gamla auktionshallen och fiskhamnskontoret. 1993 stod den nya administrationsbyggnaden klar så som den ser ut i dag med tillhörande auktionshall. I juli 1993 hölls den första auktionen inomhus i den nya hallen och den 5 september förrättades invigningen inför 500 inbjudna gäster samt den dåvarande jordbruksministern.
Idag landas väldigt lite fisk i själva fiskhamnen, främst rör det sig om landningar av räkor. Det mesta som auktioneras ut transporteras till auktionen med lastbil efter att ha landats på annat håll som exempelvis Öckerö och Rönnäng. Göteborgs fiskauktion är än idag den största fiskauktionen i Sverige.
Andra källor: Alexandersson, Bornmalm, Hallén och Sjöberg, Fisken i forskningen, 2019