Smittkoppor var innan koleran kom 1834 den epidemisjukdom som tycks ha tagit flest liv i Göteborg. Fram till 1774 ingick dock också dödsfall på grund av mässling bland smittkoppsfallen. Sammantaget har smittkoppor sannolikt tagit fler liv i Göteborg än koleran, men över längre tid och inte under lika våldsamma epidemiska former även om det dog totalt 1 185 personer i smittkoppor och mässlingen år 1759.
I boken Göteborg. En översikt vid trehundraårsjubileet 1923 över stadens kommunala, kulturella och sociala förhållanden samt viktigaste näringsgrenar, skriver Karl Johan Gezelius följande om smittkoppor:
Smittkopporna ha vid många tillfällen härjat svårt i Göteborg. År 1759 skall i Göteborgs stift ha dött 1,185 personer i smittkoppor (då hela dödssiffran uppgick till 5,739). På 1760-talet dogo i staden 227 personer i smittkoppor, och framgår av följande sammanställning den absoluta dödligheten i sjukdomen under de olika tiotalen av år, därvid dock är att märka, att till år 1774 i statistiken smittkopporna upptogos tillsammans med mässling.
Sedan epidemierna år 1892—94, då sammanlagt 316 sjukdomsfall med 28 dödsfall förekommo, har i staden ej funnits mer än ett fall år 1897, då en sjöman, som några dagar förut hemkommit från Dondon, insjuknade på sjömanshemmet, och 2 fall år 1921, då modern till en sjöman, som hemkommit från Malaga och smittats därstädes, men före sjukdomens egentliga utbrott hann avresa till annan ort, blev smittad av sonen.
År 1757 inrättades genom Frimurarorden ett koppympningshus i Göteborg, samtidigt varmed de första försöken med koppympning (variolisation) verkställdes. Barnen intogos på detta koppympningshus för att där ympas. Sedan de genomgått de verkliga smittkoppor, som denna form av ympning medförde, och som man på olika sätt försökte göra så lindriga som möjligt, återsändes barnen till sina hem. Sammanförandet av barnen på en sådan anstalt förorsakade stor sjuklighet och dödlighet bland dem, och när så på en liknande anstalt i Stockholm en ung läkare, som nyss hemkommit från studieresa till Paris, började obducera de döda barnen, blev oron bland allmänheten mycket stor, och de vildaste rykten om frimurarnes behandling av barnen spredo sig och blevo trodda. Såsom ett minne härav lever ännu uppgiften om att frimurarne »slaktat barnen och skickat dem till hundturken ».
Ryktet om slakten torde ha uppkommit av de verkställda obduktionerna, förbindelsen med »hundturken» sannolikt därav att denna form av ympning kom till Europa över Konstantinopel, därifrån kännedom om densamma spritt sig genom brev till England från den engelske gesantens i Konstantinopel hustru, lady Montague, som var en berömd brevskriverska.
Sådan ympning hade här upptagits år 1755 av stadskirurgerna Meijster och Engelhart och bedrevs vid slutet av 1700-talet i stor omfattning med hjälp av genom magistraten utfärdade kungörelser med uppmaning till allmänheten att låta ympa sina barn. Staden var då indelad i fem ympningsdistrikt med en läkare för varje distrikt, som där kostnadsfritt verkställde ympning. Av Kristofer Carlander, stadsphysicus i Göteborg åren 1793—1812, uppges, att år 1799 omkring 600 barn ympats, då i staden vid denna tid årligen endast 4—500 barn föddes. Den nu använda kokoppympningen började härstädes utföras av honom år 1802 och fick genast så stor användning, att han före sin avflyttning från staden år 1814 ympat 1,200 barn enligt den nya metoden.
Koppympningen verkställes nu på offentliga ympningsmöten kostnadsfritt av 7 läkare, och av dessa verkställdes under år 1922 omkring 3,600 ympningar. Därjämte verkställdes samtidigt av läkare omkring 4,000 revaccinationer.
Åren 1750-1830 stod smittkoppor (fram till 1774 inklusive mässlingen) sammanlagt för cirka 8% av dödsfallen i Sverige. Vid denna tid drabbade sjukdomen främst barn i likhet med mässlingen. På grund av smittkoppor funnits länge i landet var äldre i allmänhet immuna. Smittkopporna utrotades i Göteborg, liksom i hela världen senare, med hjälp av vaccinationsprogram. Dödligheten i smittkoppor hade dock börjat minska innan dess, troligen på grund av att viruset blivit mindre farligt.