Jakob Emil Ekman, född 5 februari 1815 i Göteborg, död i samma stad 21 februari 1900. Emil Ekman var son till läkaren Johan Jacob Ekman (1771–1814) och hans hustru Sara Minten (1790–1842). Han var bror till konsul Oscar Ekman (1812–1907). Emil Ekman gifte sig 11 oktober 1851 med friherrinnan Sophie Ulrica Johanna Kurck, född 30 november 1823 i Stockholm, död 14 april 1907 på Gubbero, dotter till presidenten i Kammarrätten friherre Claes Arvid Kurck och friherrinnan Hedvig Eleonora Ottiliana Liljencrantz. De fick sönerna Fredrik Gustaf Ekman (1852–1930) och Johan Emilsson Ekman (1854–1919).
Emil Ekman föddes några måndader efter att hans far, Johan Jacob Ekman, i november 1814 avlidit i ”maghinneinflammation”. Den 4 april 1816 ingick modern nytt äktenskap med den ryske generalkonsuln Conrad Friedrich Lang (1775–1850). Om somrarna bodde familjen på landet, på flera olika ställen, som i Gamlestaden, vid Fräntorp, Jonsered och Bokedalen fram till 1828, då Lang övertog landeriet Gubbero vid Redbergsvägen. Detta skulle senare bli Emil Ekmans hem, både sommar och vinter.
Ekman var tidigt inriktad på en karriär till sjöss. Efter studier vid en privat navigationsskola i Masthugget i Göteborg avlade han styrmansexamen 1829 (14 år gammal) och reste året efter till Hamburg och New York med briggen Maria Sophia som ägdes av hans farbror Gustaf Henric Ekman. Efter sjöofficersexamen 1833 och befordran till sekundlöjtnant vid flottan 1833 var han andrestyrman på briggen Svea 1834-1836 och reste då till Nordamerika, Portugal, England och Danmark. Han fick därefter ett stipendium som gjorde det möjligt att som ett led i sin utbildning gå i engelsk örlogstjänst, vilket han gjorde 1837-1839. Den vidare karriären vid flottan omfattade bland annat tjänst vid Sjöförsvarsdepartementets kommandoexpedition 1843-1848, där han var chef 1858-1859 och chef på korvetten Najaden 1859-60. Under det dansk-preussiska kriget 1849 var Ekman några månader i dansk örlogstjänst, men deltog inte i några strider, eftersom Preussen saknade flotta.
Ekman gick graderna i flottan och avslutade karriären med att befordras till kommendörkapten 1861 samtidigt med att han tog avsked. En orsak till detta antas ha varit missnöje med de förslag till modernisering av sjöförsvaret som hans kusin Baltzar von Platen d.y. förväntades lägga fram som sjöminister.
Oscar Ekman hade 1860 ombildat firman D. Carnegie & Co. till aktiebolag, varvid bl. a. Emil Ekman inträtt som delägare. Emil Ekman blev därefter broderns närmaste man i ledningen för företaget som direktör tillsammans med Eskil Fåhraeus. Oscar Ekman var verkställande direktör. I ledningen efterträddes Fåhraeus 1871 av Henning Frisell och denne, som dog 1899, av Emil Ekmans son Gustaf Ekman som redan sedan 1880 var bolagets tekniske ledare.
Emil Ekman var också ordförande i styrelsen för Göteborgs navigationsskola samt en av grundarna av Sjöförsäkrings AB Gauthiod 1863. Han var också engagerad i Barnsjukhuset och Praktiska hushållsskolan för flickor.