Ett par av dem hade döpts vid den första dopförrättningen i Vallersvik, Frillesås den 21 september 1848. Fredrik Olaus Nilsson som döpts i Tyskland blev ledare för den lilla församlingen i Frillesås.
En laglig församlingsbildning blev möjlig sedan en kunglig förordning 1860 godkänt baptisterna som trossamfund och de beviljats fri religionsutövning.
Göteborgs första baptistförsamling bildades formellt 5 augusti 1861 av sex personer som var samlade i en lägenhet i huset Landsvägsgatan 7. Mestadels höll de till i en liten stuga vid Skojarbacken (även kallat Landalaledet) som låg där sydvästra hörnet av Vasaparken är idag. Till pastor och föreståndare utsågs Fredrik Olaus Nilsson som nu återvänt från USA efter att ha vistats där sen 1853 efter att ha landsförvisats från Sverige år 1850.
Den lilla baptistförsamlingen växte och behövde en gudstjänstlokal. Vid denna tidpunkt hade sjökapten G. W. Schröder anslutit sig till församlingen. Han lyckades förvärva en tomt vid Södra Allégatan, där han lät uppföra ett tvåvåningshus med bostad för sig och sin familj på andra våningen och en gudstjänstlokal som rymde cirka 200 personer på bottenplanet. Efter hand blev även denna sal för liten varför församlingen från 1875 fick hyra en möteslokal i Arbetarföreningens hus vid Järntorget, där de även fick installera en dopgrav. Salen hade 1 600 sittplatser och årshyran var 1 800 kronor.
Han blev en förgrundsfigur för baptismen i västra Sverige. Teodor Truvé efterträdde 1868 F. O. Nilsson som föreståndare och pastor för Göteborgs Baptistförsamling. Truvé hade då precis kommit tillbaks från USA där han studerat.
Efter fem år i Arbetarföreningens hus stod det klart för Truvé att församlingens lokalfråga måste få en radikal lösning. Schröderska salen var för liten och lokalhyran för lokalen i Arbetarföreningens hus var för hög. 1881 beslutade församlingen därför att starta en insamling för att bygga en ny predikolokal. Församlingen hade då 197 medlemmar.
Genom generösa gåvor från medlemmarna och flera insamlingsresor till USA och London kunde församlingen inviga sin ståtliga predikolokal Tabernaklet den 5 oktober 1884. Församlingsmedlemmen och arkitekten, J. A. Westerberg, hade hade förvärvat en tomt vid Storgatan (kvarteret Vik i Lorensberg) och skänkt densamma till församlingen. Han, som Tabernaklets byggmästare, ställde sina yrkeskunskaper till förfogande, liksom många andra församlingsmedlemmar. När huset stod färdigt uppgick den totala kostnaden till 101 393:85 och ”kapellskulden” uppgick till 40 000 kr.
Pastor Truvé predikade ofta för en fullsatt kyrka ett par gånger varje söndag och även vid veckomöten. Församlingen växte och snart bildades många utposter runt om i trakten, dit man gjorde predikoresor. Så småningom bildade flera av dessa egna församlingar. Göteborgs Andra Baptistförsamling – Linnéakyrkan 1896, Göteborgs Tredje, Elim i Gårda 1897 och Betel i Majorna 1903. Pastor Truvé förblev församlingens föreståndare i 42 år.
Ett antal medlemmar i Betel startade 1922 pingstförsamlingen Smyrnakyrkan. Numera heter Betel istället Matteuskyrkan Majorna och församlingen är dubbelansluten till både frikyrkan via EFK och Svenska kyrkan via EFS.
Under framförallt 1960-talet ändrades göteborgarnas boendeförhållanden väsentligt. Nya stora stadsdelar växte upp, vilket ställde krav på göteborgsbaptisterna om evangelisationsuppdraget skulle kunna fullföljas. En församling i centrum ansågs tillräckligt och Göteborgs 1:a, 2:a och 3:e Baptistförsamlingar beslutade därför att gå samman och bildade Göteborgs Baptistförsamling. Söndagen den 22 februari 1970 bildades församlingen och Tabernaklet blev den gemensamma kyrkan.
År 2012 bildade Svenska Baptistsamfundet tillsammans med Svenska Missionskyrkan och Metodistkyrkan i Sverige ett gemensamt samfund, Equmeniakyrkan. Under 2015 anslöt sig Göteborgs Baptistförsamling även till Evangeliska Frikyrkan och tillhör idag både Equmeniakyrkan och Evangeliska Frikyrkan.
